Tuesday, August 3, 2010

PACS eFlim Lite CD import to MRIViewer problem!

The CD burned by radiology department did not work well with MRIViewer importing menu. 

1) we can use MRIConverter to do the work. Pay attention to manually set up values.

2) we can use ImageJ convert .nii format to Analyze 7.5 format, then use MRIConverter to do the job.  Parameters are easier to set up than the first method.

3) we can also totally give up MRIViewer and use AFNI commands instead.  We can directly use nii format, it works file too.


Need to use MRIConverter and set up specific parameters! (see figures)



Bash scripting Tutorial

http://www.linuxconfig.org/Bash_scripting_Tutorial

Monday, August 2, 2010

ICALAB

http://www.bsp.brain.riken.jp/ICALAB/ICALABSignalProc/benchmarks/

Install RAR Archiver on Fedora 13

By default Fedora 13 can not support the RAR archive files. But we often use RAR archive files, so we need install the RAR program.
We can download RAR package from http://www.rarlab.com/download.htm
# wget http://www.rarlab.com/rar/rarlinux-3.9.3.tar.gz
Untar file
# tar zxvf rarlinux-3.9.3.tar.gz
Install RAR
# cd rar
# make
mkdir -p /usr/local/bin
mkdir -p /usr/local/lib
cp rar unrar /usr/local/bin
cp rarfiles.lst /etc
cp default.sfx /usr/local/lib

After all the above, you can use rar and unrar commands.

Sunday, August 1, 2010

VMWare Tool installation problem with Fedora 13

FW from http://forums.fedoraforum.org/showthread.php?t=245677

Copying the utsrelease.h for me didn't have any effect also, but the problem can be easily solved by fooling vmware-config-tools.pl into thinking that the path you typed is correct anyway. In order to do so, open the /usr/bin/vmware-config-tools.pl and search for getValidKernelHeadersPath , under that you will see a while(1) { ......
just remove the while(1) keyword without removing the brackets. Afterward your file should look something like this :

....
sub getValidKernelHeadersPath {
my $kh_path = shift;
my $modconfig = shift;
my $appLoaderArgs = shift;
my $answer;
my $query;
my $default;

{
if (system("$modconfig --validate-kernel-headers \"$kh_path\" " .
"$appLoaderArgs >/dev/null 2>&1") == 0) {
$query = "The path \"$kh_path\" appears to be a valid path to the " .
"kernel headers of the running kernel.";
$default = 'no';
} else { .......
.....

you can now save and manually run vmware-config-tools.pl and when asked for kernel headers select yes for changing and give the correct path (in my system /usr/src/kernels/2.6.33.5-124.fc13.i686/include/), it will then compile correctly. 
 
Worked for me!

Friday, July 30, 2010

著名科学家、上海大学校长钱伟长逝世 -- Our famous president of Shanghai University passed away on July 30th 2010 in Shanghai. Mourning ...

钱伟长生于1912年10月9日,江苏无锡人,1952年加入中国民主同盟,加拿大多伦多大学应用数学系毕业,数学博士。

1931年至1937年在清华大学物理系、研究生院学习。1936年参加中华民族解放先锋队。1940年至1942年在加拿大多伦多大学应用数 学系学习,并获博士学位。1942年至1946年任美国加利福尼亚州理工学院喷射推进研究所研究工程师。1946年至1948年任清华大学教授兼北京大学 教授,燕京大学教授。

建国后,历任清华大学教授、副教务长、教务长、副校长,中科院力学研究所副所长、研究员,中科院自动化研究所筹备处主任、所长,中科院学术秘 书,全国青联副秘书长,民盟中央常委,上海工业大学教授、校长,上海应用数学和力学研究所所长,国务院学位委员会第一届学科评议组成员,国务院科学规划委 员会委员,全国科协常委兼组织部长,中国力学学会第一、二届副理事长,中国中文信息学会第一、二届理事长,中国科学院物理学数学部委员,中华人民共和国香 港特别行政区基本法起草委员会委员,中华人民共和国澳门特别行政区基本法起草委员会副主委,中国和平统一促进会执行会长,中国海外交流协会会长,第六、七 届全国政协副主席,民盟第五、六届中央副主席,泉州华侨大学、西南交通大学、华东工程学院、江苏工学院、华中工学院和成都电子工程学院等名誉教授,南京航 空航天大学名誉校长。1992年12月至1996年11月任民盟第七届中央副主席。1996年11月在民盟七届五中全会上被推举为民盟中央名誉主席。 1993年3月当选为第八届全国政协副主席、全国政协教育文化委员会主任(兼)、科教文卫体委员会主任。1994年1月任暨南大学董事会董事长。1994 年4月被聘为潍坊大学名誉校长、清华大学教育基金会名誉会长,5月任上海大学校长。1994年11月起任中华全国集邮联合会名誉会长。1997年10月当 选为民盟中央第八届名誉主席。1998年3月至2003年3月任第九届全国政协副主席。1999年7月当选为第六届中国和平统一促进会会长。2009年9 月当选为中国海外交流协会第四届理事会会长。

第一、四届全国人大代表,第四届全国政协委员,第五届全国政协常委。

钱伟长长期从事力学研究,在板壳问题、广义变分原理、环壳解析解和汉字宏观字型编码等方做出了突出的贡献。1941年提出“板壳内禀理论”,其 中非线性微分方程组被称为“钱伟长方程”(用系统摄动法处理非线性方程,这种解法称为“钱伟长法”);1954年提出“圆薄板大挠度理论”,获1956年 国家科学奖二等奖,1979年完成的“广义变分原理的研究”,获1982年国家自然科学奖二等奖。曾被授予波兰科学院院士,加拿大拉尔逊多科大学荣誉教 授。1986年被选为加拿大多伦多赖尔逊学院院士。1988年获澳门东亚大学荣誉博士称号。1997年9月23日获何梁何利基金科学与技术成就奖。

共发表论文100余篇,其中包括《应用数学与力学论文集》等共约300余万字;还担任5种国际学术刊物的编委和一些国内学术刊物的顾问。曾创办 《应用数学和力学》刊物,采用中英文两种文字,在国内外发行。著有《变分法及有限元》、《广义变分原理》、《穿甲力学》,合著有《弹性力学》。

Thursday, July 29, 2010

A famous Chinese philosopher's saying:

I hear and I forget
I see and I remember
I do and I understand

                 Confucius

"不闻不若闻之,闻之不若见之,见之不若知之,知之不若行之。学至于行之而止矣。”